在企业中薪酬与绩效只要有一方不协调，那么就会使整个公司发展不协调，造成企业利润下降不说，严重的会造成瘫痪，薪酬与绩效向来都是进行联动反映。但企业一般将薪酬与绩效分在两个部门或者员工进行，由薪酬专员及考核专员分开进行，由此也给企业带来了不少问题。目前企业在绩效管理和薪酬管理上主要存在以下问题：
一、动态性和灵活性不够。
例如，很多企业在制度确立了之后便很少变动，这样对那些能力和贡献都提高了员工其实是很不公平的。民企在薪酬管理和绩效管理方面，应尽量保持公开透明的政策，了解员工诉求。另一方面，要吸收员工的合理化建议，对制度进行修订，制度公平、公开、公正。此外，还需要建立其薪酬和绩效的动态调整的机制。
二、为了应付任务而进行绩效考核和薪酬调整。
很多企业并不知道自己自己的问题在哪里，上级也许隐约感觉到了有问题存在，但是并不清楚问题在哪里，于是要求进行改革，于是相关部门便生硬地将绩效管理与薪酬管理套在一起，没有从公司的实际情况和需求出发。
三、把绩效和薪酬简单化。
为了薪酬计算的简单化，不少企业把绩效考核的目标和用途简单化，对于他们来说，考核就是简单的打分和发奖金，即通过绩效考核对员工的绩效打分，然后把绩效分数机械地同薪酬，特别是员工的月度、季度、半年或年度奖金挂钩。这样的考核方式无法随着员工的发展而满足员工的需求，起不到激励员工的作用。
四、目的不明确，存在较大偏差。
很多企业实际上对通过绩效考核和薪酬管理要解决什么问题、要达到什么目的缺乏清醒的认识。
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